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色谱柱是HPLC系统非常关键的一部分，随着色谱技术的发展，它也不断地更新换代，长度变得越来越短，填料颗粒也越来越细。现在常用的色谱柱长度在30～250 mm，颗粒直径在1.6～5μm。颗粒类型主要有全多孔和表面多孔，全多孔填料具有更大的柱容量、更多键合相选择的优点，表面多孔具有反压低、峰形好的优点。的基质是硅胶。以前填料纯化技术不是很成熟，十八烷基键合到硅胶表面不是很完全，硅胶上总是少量的硅羟基在外面。这样就造成样品在进行色谱分离的时候，会吸附或者键合在这部分硅羟基上，导致色谱峰拖尾。漏液的原因分两种：接触硬件不当：在更换零件如流路管或换柱时，换的接头接口不匹配，造成漏液。使用三乙胺作为封尾剂，与硅羟基吸附，可以使峰型改善，这个三乙胺曾经一度成为分析界的宝贝和。现在，制造填料的技术日趋成熟，人们已经掌握了把这部分剩余未键合硅胶也进行键合钝化的技术，这个技术就叫作封尾。

色谱又称色层法或层析法，是一种物理化学分析方法，它利用不同溶质（样品）与固定相和流动相之间的作用力（分配、吸附、离子交换等）的差别，当两相做相对移动时，各溶质在两相间进行多次平衡，使各溶质达到相互分离。1906年Tswett 研究植物色素分离时提出色谱法概念；他在研究植物叶的色素成分时，将植色谱物叶子的萃取物倒入填有碳酸钙的直立玻璃管内，然后加入使其自由流下，结果色素中各组分互相分离形成各种不同颜色的谱带。按光谱的命名方式，这种方法因此得名为色谱法。以后此法逐渐应用于无色物质的分离，“色谱”二字虽已失去原来的含义，但仍被人们沿用至今。在色谱法中，静止不动的一相（固体或液体）称为固定相（stationary phase） ；运动的一相（一般是气体或液体）称为流动相（mobile phase）。但快速色谱不同于一般的层析分离，这种分离没有压力，而快速分离通常使用瓶装氮气加压，使流动相具有一定的流速，从而缩短了分离时间。

对色谱柱升至一恒定温度，通常为其温度上限。特殊情况下，可加热至高于使用温度10-20℃左右，但是一定不能超过色谱柱的温度上限，那样极易损坏色谱柱。当到达老化温度后，记录并观察基线。初始阶段基线应持续上升，在到达老化温度后5-10分钟开始下降，并且会持续30-90分钟。当到达一个固定的值后就会稳定下来。如果在2-3小时后基线仍无法稳定或在15-20分钟后仍无明显的下降趋势，那么有可能系统装置有泄漏或者污染。要注意不同公司的柱子接头很多是不同的，甚至同一家公司在不同时期生产的液相柱接头也有很大区别。遇到这样的情况，应立即将柱温降到 40℃以下，尽快的检查系统并解决相关的问题。如果还是继续的老化，不仅对色谱柱有损坏而且始终得不到正常稳定的基线。

液相色谱仪的原理：　　分配系数与组分、流动相和固定相的热力学性质有关，也与温度、压力有关。在不同的色谱分离机制中，K有不同的概念：吸附色谱法为吸附系数，离子交换色谱法为选择性系数（或称交换系数），凝胶色谱法为渗透参数。但一般情况可用分配系数来表示。　　在条件（流动相、固定相、温度和压力等）一定，样品浓度很低时（Cs、Cm很小）时，K只取决于组分的性质，而与浓度无关。这只是理想状态下的色谱条件，在这种条件下，得到的色谱峰为正常峰；在许多情况下，随着浓度的增大，K减小，这时色谱峰为拖尾峰；而有时随着溶质浓度增大，K也增大，这时色谱峰为前延峰。因此，只有尽可能减少进样量，使组分在柱内浓度降低，K恒定时，才能获得正常峰。填料一般使用软质的葡聚糖、琼脂糖、纤维素、合成高聚物或离子交换剂，粒径一般为40-60μm。